引起同样多争论的是精神问题。1766年卢梭与人争论后，关于他疯了的传言未曾间断，待其去世，尤其是1782年《忏悔录》前六卷和《卢梭评判让-雅克》出版后，这一问题又被人提起。关于病因，除受迫害之外，还有几种推测，或与病痛有关，或与品性有关。在批判者看来，他的疯癫是因为性格缺陷（悲观、高傲、孤僻），所以应受谴责。1780年，卢梭生前的友人格里姆视之为另类，“他的才华中有最不合时宜的讽刺和最值得怜悯的疯癫”[54]。而支持者多从身体病痛上为之开脱，努力维护一个思想家的尊严，“以冷漠嘲讽对待不幸的人，实为不妥，卢梭患有精神疾病，言行不当之处应获得原谅”[55]。他与百科全书派交往时受排挤，“自尊心受损害，无可奈何的失望扰乱了精神，伤及情感”[56]。里尔丹了解卢梭最后的生活，那时，“剧烈的腹疼和头疼时常出现，他素来关心困苦的人，心理压力无从舒缓”；马勒泽尔布知道他为病所困，“努力探求真理，有过错误，却不违背一贯的原则”[57]。布里索曾是卢梭的信徒，得知一个温和的人被视为骗子、伪君子时，心中不平，“更加敬重这个疯子”。革命时代，罗伯斯庇尔创造了理解卢梭的新方式，他将之塑造为革命美德的楷模，个体疯癫有了政治意义：“你谴责人类的不正义，这给您带来深深的忧愁，我由此明白，一个追求真理的高贵生命要承受几多痛苦，但我不畏惧。”[58]