康熙本人对历法了无研究，不能作出决断，但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后，康熙想实事求是地解决这一问题。于是，他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法，一边自己刻苦学习，了解了历法的大概。经过研究和使用，杨光先的历法屡屡出错，因此，康熙废了旧历法，推行新历法，并以实事求是的态度同大臣们讲明道理，较好地解决了新旧历法之争，也显示出了康熙认真求实的态度，为他进一步赢得了威信，群臣都不敢把他当小孩子对待了。
当时最棘手的问题是平定“三藩”，尤其是吴三桂勾结朝臣，收实心腹，对朝廷的钱粮大加挥霍挪用，在云南招兵买马，积极备战，那是早晚必反的。康熙的态度极为明确，那就是坚决削藩，不能姑息养奸。不过，康熙也有自己的打算，他想，叛乱晚发生一天，就对自己有利一分，因为从年龄来讲，自己会一天天地长大，而吴三桂会一天天地老下去，自己会准备得越来越充分，而吴三桂则只会越来越不得人心。
康熙十二年（公元1673年），尚可喜年老多病，把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后，残忍好杀而又多行不义，尚可喜受不了其子的挟持，便上书请求撤藩，要求告老还乡，并让其子袭爵。这一年，康熙十九岁，许多大臣都认为不宜撤藩，但康熙认为这是撤藩的大好时机，当即允许。